Le conseil scientifique examine les questions relatives à l'élaboration et au suivi du projet de l'établissement et à son fonctionnement ainsi qu'à l'organisation et au déroulement des études ,aux programmes de recherche.Il examine chaque année le projet du budget de l'établissement .Il examine également toute autre question relative à l'enseignement ou à la recherche qui peut lui être soumise par le directeur ou le président de l'université.
Les membres du Conseil Scientifique 2020-2023
| Nabila Torki Hamza | Directrice |
| Othmen Abbes | Secrétaire Général |
| Raja Fdhila | Directrice des études et des stages |
| Sana Ghannay Gader | Directrice du département informatique |
| AbdelKader Krifa | Directeur du département physique |
| Radhouane Fekih Salem | Directeur du département mathématiques |
| Mohamed Tarek Hamdani | Représentant des enseignants corps "A" |
| Riadh Hadj M'tir | Représentant des enseignants corps "B" |
| Ali Abbassi | Représentant des enseignants corps "B" |
| Nader Fnaiech | Représentant des enseignants corps "B" |
| Hadda Belhadj | Représentant des enseignants corps "B" |
| Salaheddine Hamza Sfar | Représentant des enseignants corps "B" |
| Amina Chaabane | Représentant des enseignants corps "B" |
| Montassar Ben Salem | Représentant des enseignants corps "B" |
| Slim Marghli | Représentant des enseignants "PES" |
| Adem Cherif | Représentant des étudiants de Mastère |
| Nebrass Chamakh | Représentant des étudiants des licences |
| Alaa Eddine Zamouri | Représentant des étudiants des licences |
| Mokhtar Habbachi ( Directeur d'un centre de formation) | Représentant du milieu économique |
| Islam Laataoui ( Représentant commercial d'une société ) | Représentant du milieu èconomique |
| Mohamed Hwass ( Directeur Musée de Mahdia ) | Représentant du milieu culturel |
| Abir Beji ( Membre conseil municipale de mahdia) | Représentante du milieu social |